方剂研究重点实验室最早是2005年9月14日经江苏省教育厅批准立项建设，依托南京中医药大学立项建设的示范性功能实验室。在南京中医药大学药学院、基础医学院、国家规范化中药药理实验室，以及中药学国家重点学科、方剂学国家中医药管理局和江苏省重点学科等的支撑下，联合南京大学国家重点学科计算机应用科学系、南京大学医学生物技术国家重点实验室，在美国唐仲英基金会的大力支持下，以中医方剂理论为指导，以方剂信息资源挖掘与利用、方剂效应物质基础研究、方剂配伍效应研究、新技术新方法应用研究为主要研究方向，通过建设期的开拓创新与艰苦努力，实验室建设取得了一批创新性成果，整体实力居国内同领域先进行列。 平台负责人段金廒教授 研究团队
该平台先后于2009年获江苏省发改委批准建设“江苏省理血方剂创新药物工程中心”、于2010年获江苏省科技厅批准建设“江苏省方剂高技术研究重点实验室”，于2013年获国家发改委批准建设“中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心”，实现了学校国家级科技平台零的突破。2013年，该平台资源整合，围绕中药资源产业化过程行业产业发展重大需求，协同本领域代表性高校、科研院所和中药企业，包括中国中医科学院中药研究所、中国医学科学院药用植物研究所、中国药科大学、江苏康缘药业股份有限公司、中国药材公司、江苏济川药业集团、金陵药业股份有限公司7家单位组建并率先申报获批江苏省首批协同创新中心，即“江苏省中药资源产业化过程协同创新中心”。2015年，江苏省方剂高技术研究重点实验室以优异成绩通过验收。2016年，该平台又获国家中医药管理局批准建立“中药资源循环利用重点研究室”，为目前国内唯一一家以中药资源循环经济理论创新与循环利用适宜方法技术体系构建、中药资源产业化过程中产生的废弃物与副产物的循环利用为主要研究方向的重点研究室。
研究成果荣获国家科技进步二等奖、教育部科技进步一等奖
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